De padres ingleses, un modesto abogado y una ama de casa, Jonathan Swift nació en Dublín y  su padre falleció poco antes de que naciera; todo lo debió a la caridad de su tío Godwin, que se encargó de educar al chico en medio de una gran pobreza, ya que su madre le dejó al niño y volvió a Inglaterra. 

Aprendió a leer a los tres años, y le gustaba hacerlo en voz alta, en especial fragmentos de Plutarco. No fue un estudiante sobresaliente, pero  a los diecinueve años consigue la oportunidad de trabajar como secretario de un lejano pariente materno, el político inglés y baronet William Temple, antiguo diplomático y escritor,  llevándole su correspondencia y las cuentas, para lo que se trasladó a su residencia de Moor Park, en Farnham. 

 Cuando Swift llegó allí, se encontró a una niña de ocho años, hija de un comerciante llamado Edward Johnson, intendente de Temple, que había fallecido joven, y le encomendaron ser su preceptor.  A medida que pasaba el tiempo, crecía la confianza de Temple en su empleado, por lo que éste llegó a intervenir en asuntos cada vez más complejos e incluso públicos, porque Temple aún albergaba ambiciones políticas; Swift fue incluso presentado al rey Guillermo III. 

Durante la decena de años que estuvo con Temple, prosiguió sus estudios universitarios y se ordenó sacerdote anglicano en 1694; ese mismo año, se marchó para hacerse cargo de la parroquia de Kilroot, en Irlanda del Norte. Dos años después,  Temple convenció a Swift de que regresara a Moor Park para ayudarle a preparar sus memorias y sus cartas, con vistas a su publicación, lo que realizó diligentemente. Allí se reencontró con la niña de antaño, ya convertida en una apuesta mujer de 15 años, inteligente, sociable y popular; Swift sintió un flechazo y escribió que era "la mujer más hermosa, graciosa y agradable de Londres". Durante este tiempo, Swift escribió su primera obra, La batalla entre los libros antiguos y los modernos, que, sin embargo, no se publicó hasta 1704.

Estuvo con Temple, hasta que este murió y más adelante cuando regresó a Irlanda, lo hizo acompañado por Stella, ahora una joven de 20 años. En torno a la relación de Swift con Stella hay un gran misterio no exento de controversia. Algunos afirman que contrajeron matrimonio secretamente en 1716, de lo que no se han encontrado pruebas definitivas, aunque no se puede negar que sentía por ella un cariño especial que conservó durante toda su vida. 

En 1728 murió Stella, y Swift sufrió una severa depresión que acentuó aún más su hastío del género humano. Su salud quedó muy afectada por una enfermedad misteriosa, que en 1742 le produjo un tumor en un ojo que le impedía incluso leer. 

Falleció el 19 de octubre de 1745, dejando la mayor parte de su fortuna a los pobres y disponiendo que se construyera a sus expensas un manicomio. Está enterrado en la catedral de San Patricio, cerca de Stella.